Kivikautiset kohteet ovat kiinteitä muinaisjäännöksiä, jotka on lailla rauhoitettu muinaismuistolailla. Siksi myös arkeologisen kaivauksen aloittaminen edellyttää aina tutkimuskysymyksen asettamista ja Museoviraston myöntämää kaivauslupaa. Pelkkä uuden tiedon hankinta ei riitä tutkimuskysymykseksi, vaan kaivausten on liityttävä johonkin laajempaan tutkimukseen. Kaivaukset kun lopulta tuhoavat kohteen, vaikka alue kaivausten loputtua maisemoidaankin entisen näköiseksi. Vain kaivauksista talteen otettu materiaali ja eri tavoin tehdyt dokumentaatiot jäävät jäljelle. Lupia kaivauksille myönnetään vain arkeologeille. Lue aiheesta lisää Museoviraston nettisivuilta.
Jos kohde kuitenkin päädytään kaivamaan, alkaa löytöjä usein tulla heti pinnasta aivan turpeen alta. Kulttuurikerros eli ihmisen toiminnan maahan aiheuttama näkyvä kerros on kivikautisilla kohteilla usein ohut, koska kohteet ovat olleet käytössä vain suhteellisen lyhyen ajan, eikä kerroksia näin ole päässyt kasaantumaan. Historiallisen ajan kaupunkiarkeologisilla kaivauksilla vanhimmat kerrokset voivat ulottua jopa usean metrin syvyyteen, koska sama alue on voinut olla käytössä vuosisatojen ajan, mutta kivikautisilla kohteilla harvoin joudutaan kaivamaan yli puolen metrin syvyyteen.
Kaivauksilla edetään tyypillisimmin 5 cm:n paksuisina kerroksina ja jokaisen löydön paikka merkitään löytökarttaan. Jokaisen kaivauskerroksen eli tason välillä maan pinta puhdistetaan, valokuvataan ja piirretään. Asumuspainanteet kaivetaan usein piirakkapalamaisina lohkoina, jotta painanteen poikkileikkaus eli profiili ja siinä olevat ilmiöt saadaan sivuttaissuunnassa näkyviin.