Useimmiten kivikautisia kohteita löydetään arkeologisissa inventoinneissa ja maankäytön seurauksena. Inventoinnissa arkeologi kulkee maastossa ja etsii maan pinnalta merkkejä mahdollisesta ihmistoiminnasta. Tarvittaessa arkeologi tekee maahan kairauksia ja pieniä koekuoppia löytöjensä varmistamiseksi. Kivikaudella talojen lattiapinta kaivettiin usein ympäristöään syvemmälle. Aikojen saatossa vain matalat painanteet ovat jääneet jäljelle, ja ne on usein helppo erottaa muusta maastosta.
Metsien äestykset, metsäteiden leikkaukset ja polkujen kuluminen saattavat myös paljastaa jälkiä muinaisesta ihmistoiminnasta.
Tutkimuksissa on havaittu, että kivikautiset ihmiset mieluusti asettuivat asumaan vesistöjen rannoille. Tämän vuoksi muinaisen meren rannan alueet ovat potentiaalisia paikkoja löytää merkkejä kivikautisesta asutuksesta, ja maanpinnan korkeus merestä voi antaa myös vihjeitä kohteen ajoitukseen.
